Ustanowienie formy ochrony, takiej jak rezerwat przyrody czy obszar Natura 2000, nie oznacza całkowitego wyłączenia tych terenów z działań człowieka. W wielu przypadkach wymagane jest prowadzenie obowiązkowych zadań ochronnych, wynikających z planów ochrony lub planów zadań ochronnych. Oznacza to, że ochrona przyrody i gospodarka leśna mogą się wzajemnie uzupełniać, stanowiąc odpowiedzialne podejście polegające na ochronie zasobów przyrodniczych przy jednoczesnym racjonalnym ich użytkowaniu.

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap występują następujące formy ochrony przyrody i krajobrazu:

1) Park Krajobrazowy

 Park Krajobrazowy Puszczy Rominckiej  (1998) – 11 270,00 ha

Obejmuje 14 865 ha, z czego 11 270 ha znajduje się na gruntach Nadleśnictwa Gołdap.
Park posiada obowiązujący plan ochrony, a ochrona realizowana jest poprzez aktywne, planowe działania, bez wyłączania terenu z użytkowania.

2) Rezerwaty przyrody

1. Rezerwat przyrody Boczki (1974) – 108,82 ha

Rezerwat leśny chroniący najlepiej zachowane zespoły leśne Puszczy Rominckiej – grądy, świerczyny borealne, łęgi, olsy i bory bagienne.

2. Rezerwat przyrody Czerwona Struga (1973) – 3,60 ha

Niewielki rezerwat doliny strumienia, powołany w celu ochrony stanowiska pióropusznika strusiego oraz zbiorowisk łęgowych.

3. Rezerwat przyrody Dziki Kąt (1973) – 34,58 ha

Rezerwat chroniący naturalne drzewostany sosnowo-świerkowe, z prowadzonymi czynnymi działaniami ochronnymi.

4. Rezerwat przyrody Mechacz Wielki (1974) – 146,72 ha

Rezerwat torfowiskowy obejmujący torfowisko wysokie i bór bagienny, z licznymi rzadkimi gatunkami roślin.

5. Rezerwat przyrody Struga Żytkiejmska (1982) – 471,04 ha

Największy rezerwat nadleśnictwa, chroniący rozległe torfowiska, świerczyny borealne oraz mozaikę siedlisk leśnych i nieleśnych.

6. Rezerwat przyrody Uroczysko Kramnik (2001) – 91,76 ha

Rezerwat torfowiskowy chroniący rzadkie i reliktowe gatunki roślin bagiennych.

7. Rezerwat przyrody Czarnówko (2014) – 32,15 ha

Rezerwat borealnych świerczyn bagiennych, borów bagiennych i torfowiska wysokiego z unikatowymi gatunkami roślin.

8. Rezerwat przyrody Czarcia Kępa (2021) – 30,25 ha

Rezerwat grądu zboczowego, chroniący jedną z najliczniejszych w Polsce populacji dzwonka szerokolistnego.

3) Obszar Natura 2000

SOO Puszcza Romincka PLH280005 (2008) –11 257,97 ha.
Obszar obejmuje rozległy kompleks leśny o charakterze borealnym, z torfowiskami i naturalnymi ciekami wodnymi, gdzie ochrona realizowana jest poprzez czynne i obowiązkowe działania ochronne.

4) Obszary Chronionego Krajobrazu

Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Gołdapy i Węgorapy (2008) – 616,73 ha na gruntach Nadleśnictwa Gołdap.
Rozległy obszar dolin rzecznych o wysokich walorach krajobrazowych i przyrodniczych, sprzyjający zachowaniu naturalnych korytarzy ekologicznych.

Obszar Chronionego Krajobrazu Grabowo (2008) – 1,87 ha na gruntach Nadleśnictwa Gołdap.
Niewielki obszar chroniący krajobraz rolniczo-leśny z zachowanymi elementami naturalnej struktury środowiska.

Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Błędzianki (2008) – 393,53 ha na gruntach Nadleśnictwa Gołdap.
Chroni naturalną dolinę rzeczną o dużym znaczeniu przyrodniczym i krajobrazowym, z zachowanymi siedliskami wilgotnymi.

Obszar Chronionego Krajobrazu Puszczy Rominckiej (2008) – 944,12 ha na gruntach Nadleśnictwa Gołdap.
Obejmuje fragmenty Puszczy Rominckiej, zabezpieczając ciągłość krajobrazu leśnego oraz wartości przyrodnicze i widokowe.

4) Pomniki przyrody

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap dominują pomniki przyrody w postaci pojedynczych drzew. Łącznie występuje tu 30 pomników przyrody, obejmujących 327 drzew oraz 4 głazy narzutowe. Wśród nich znajduje się 18 pojedynczych drzew, 5 grup drzew oraz 3 aleje.

Na gruntach zarządzanych przez nadleśnictwo zlokalizowanych jest 12 pomników przyrody, obejmujących 67 drzew, w tym 7 pojedynczych drzew, 4 grupy drzew oraz 1 aleję. Wśród chronionych obiektów występują także pomniki gatunków obcych, m.in. żywotnik olbrzymi, sosna wejmutka i jodła balsamiczna, oraz gatunki niewystępujące naturalnie na tym obszarze, takie jak buk zwyczajny.

5) Strefy ochronne gatunkowe

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap wyznaczono 19 stref ochrony miejsc gniazdowania ptaków, obejmujących łącznie 582,17 ha. Ochroną objęto: 10 stref orlika krzykliwego, 4 strefy bociana czarnego, 2 strefy bielika, 1 strefę kani rudej, 1 strefę włochatki oraz 1 strefę wspólną włochatki i sóweczki.

Ponadto ustanowiono 1 strefę ochrony nietoperzy o powierzchni 0,17 ha oraz 1 strefę ochrony grzybów – puchlinki ząbkowanej, o powierzchni 6,78 ha.