W gospodarowaniu lasami położonymi w granicach obszarów chronionego krajobrazu istotne jest zachowanie ich naturalnego charakteru, w szczególności poprzez wykorzystanie odnowień naturalnych oraz dostosowanie składu gatunkowego drzewostanów do warunków siedliskowych. Ważne jest również odpowiednie przygotowanie tych terenów do ruchu turystycznego i wypoczynku.

Nadleśnictwo Gołdap położone jest w zasięgu pięciu obszarów chronionego krajobrazu:

Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Gołdapy i Węgorapy
Największy z obszarów związanych z Nadleśnictwem Gołdap. Obejmuje tereny cenne krajobrazowo i przyrodniczo, położone w dolinach rzek Gołdapy i Węgorapy. Na gruntach nadleśnictwa znajduje się 616,73 ha tego obszaru.

Obszar Chronionego Krajobrazu Grabowo
Niewielki fragment tego obszaru znajduje się w granicach Nadleśnictwa Gołdap. Obejmuje on tereny położone w gminie Gołdap. Na gruntach nadleśnictwa zajmuje 1,87 ha.

Obszar Chronionego Krajobrazu Wzgórz Szeskich
Obszar obejmuje tereny o wysokich walorach krajobrazowych, położone w rejonie Wzgórz Szeskich. Nie obejmuje gruntów zarządzanych przez Nadleśnictwo Gołdap.

Obszar Chronionego Krajobrazu Doliny Błędzianki
Obejmuje cenne przyrodniczo tereny doliny Błędzianki, położone na terenie gmin Gołdap i Dubeninki. Na gruntach nadleśnictwa znajduje się 393,53 ha tego obszaru.

Obszar Chronionego Krajobrazu Puszczy Rominckiej
To jeden z najważniejszych obszarów chronionego krajobrazu związanych z Nadleśnictwem Gołdap. Obejmuje cenne fragmenty Puszczy Rominckiej na terenie gmin Gołdap i Dubeninki. Na gruntach nadleśnictwa zajmuje 944,12 ha.