Ochrona gatunkowa ma na celu zachowanie dziko występujących gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi. Obejmuje gatunki rzadkie, zagrożone wyginięciem oraz podlegające ochronie prawnej. W celu zabezpieczenia ich stanowisk, miejsc rozrodu i regularnego przebywania mogą być ustanawiane strefy ochrony.

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap występują liczne gatunki roślin, zwierząt, grzybów i porostów objęte ochroną. Może tu występować co najmniej 113 gatunków roślin chronionych, w tym 43 objęte ochroną ścisłą i 70 częściową. Stwierdzono tu również co najmniej 7 gatunków chronionych porostów, spośród których 3 objęte są ochroną ścisłą, a 4 częściową. Szczególne znaczenie ma potwierdzone stanowisko puchlinki ząbkowanej Thelotrema lepadinum, które objęto strefą ochrony.

W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Gołdap stwierdzono ponadto co najmniej 248 gatunków zwierząt objętych ochroną prawną. W tej grupie znajduje się 18 gatunków bezkręgowców, 4 gatunki krągłoustych i ryb kostnych, 11 gatunków płazów, 5 gatunków gadów, 180 gatunków ptaków oraz 30 gatunków ssaków. O wysokiej wartości przyrodniczej tego obszaru świadczy również fakt, że w 2021 r. na teren Puszczy Rominckiej wsiedlono żubry, wzbogacając tym samym skład rodzimej fauny dużych ssaków.

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap wyznaczono strefy ochrony ptaków, obejmujących miejsca gniazdowania orlika krzykliwego, bociana czarnego, bielika, kani rudej, włochatki i sóweczki. Oprócz tego ustanowiono również strefę ochrony nietoperzy oraz strefę ochrony grzybów. Granice tych stref zostały dostosowane do przebiegu wydzieleń leśnych oraz charakterystycznych elementów terenowych, co ułatwia ich ochronę i uwzględnianie w prowadzonej gospodarce leśnej.