Zadaniem leśników jest ochrona tych terenów, zarówno bierna, jak i czynna. Ochrona bierna polega na pozostawieniu przyrody jej własnym prawom i niestosowaniu ingerencji człowieka na obszarach najcenniejszych, najlepiej zachowanych. Ochronę czynną prowadzi się wyłącznie wtedy, gdy naturalna równowaga została zakłócona i konieczne jest wsparcie procesów prowadzących do odtworzenia właściwego stanu siedlisk i zbiorowisk.

Na terenie rezerwatów obowiązują szczególne zasady ochrony. Zabronione jest między innymi niszczenie roślin, zbieranie grzybów i runa leśnego, chwytanie oraz zabijanie dziko żyjących zwierząt, zakłócanie ciszy, biwakowanie, palenie ognisk i wyrobów tytoniowych, a także poruszanie się poza trasami i szlakami udostępnionymi przez Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska. Przed wizytą warto więc upewnić się, czy dany rezerwat został udostępniony dla ruchu turystycznego.

Na terenie Nadleśnictwa Gołdap znajduje się osiem rezerwatów przyrody.

Rezerwat przyrody „Czerwona Struga”

Rezerwat został utworzony w 1973 roku. Obecnie jego powierzchnia wynosi 3,60 ha. Celem ochrony jest zachowanie stanowiska pióropusznika strusiego Matteuccia struthiopteris. Osią rezerwatu jest niewielki, silnie meandrujący strumień Czerwona Struga, nad którego brzegami występują bogate skupienia tej cennej paproci. Okresowe wahania poziomu wody, a nawet czasowe wysychanie cieku, mają istotny wpływ na charakter tutejszej roślinności.

Rezerwat przyrody „Dziki Kąt”

Utworzony w 1973 roku rezerwat zajmuje powierzchnię 35,79 ha. Chroni naturalne fitocenozy borów wilgotnych i bagiennych typowych dla Puszczy Rominckiej. Występują tu drzewostany w wieku od około 130 do ponad 150 lat, a także fragmenty borów bagiennych, olsów torfowcowych i łęgu jesionowo-olszowego. Szczególnym śladem historii tego miejsca jest głaz upamiętniający niemieckiego nadleśniczego, który zginął tu podczas pełnienia służby w XIX wieku.

Rezerwat przyrody „Boczki”

Rezerwat został powołany w 1974 roku i obejmuje 108,83 ha. Jego celem jest ochrona naturalnych zbiorowisk leśnych charakterystycznych dla Puszczy Rominckiej, w tym grądów, łęgów, olsów, borów bagiennych i borealnych świerczyn. Stwierdzono tu około 200 gatunków roślin. Sąsiedztwo rezerwatu można poznawać, korzystając z przebiegającego w pobliżu zielonego szlaku.

Rezerwat przyrody „Mechacz Wielki”

Utworzony w 1974 roku rezerwat zajmuje powierzchnię 146,72 ha. Chroni torfowisko wysokie wraz z borem bagiennym oraz stanowiska wielu rzadkich gatunków roślin. To obszar o dużej wartości przyrodniczej i ważne miejsce zachowania siedlisk bagiennych charakterystycznych dla północno-wschodniej Polski.

Rezerwat przyrody „Struga Żytkiejmska”

Rezerwat istnieje od 1982 roku i jest największym rezerwatem na terenie Nadleśnictwa Gołdap, zajmującym 471,04 ha. Chroni naturalne procesy ekologiczne zachodzące w zbiorowiskach leśnych Puszczy Rominckiej, a także naturalne układy hydrologiczne, w tym zasoby wód powierzchniowych i podziemnych. Obejmuje dolinę leśnego strumienia Żytkiejmska Struga wraz z dopływami, wzgórza moreny czołowej, mokradła oraz śródleśny staw. Występują tu zróżnicowane zbiorowiska leśne, wśród których dominują subborealne bory mieszane. Jedną z przyrodniczych osobliwości rezerwatu jest brzoza niska, będąca reliktem polodowcowym.

Rezerwat przyrody „Uroczysko Kramnik”

Rezerwat został utworzony w 2001 roku i zajmuje 91,76 ha. Jego celem jest ochrona rzadkich i reliktowych gatunków roślin oraz ekosystemów torfowiskowych i bagiennych zbiorowisk leśnych. Występują tu liczne gatunki chronionych roślin, mszaków i paprotników, w tym wiele storczyków. Szczególnie cennym gatunkiem jest malina moroszka Rubus chamaemorus. Rezerwat stanowi również ostoję łosi, bobrów, żurawi oraz wielu płazów, w tym kumaka nizinnego.

Rezerwat przyrody „Czarnówko”

Utworzony w 2014 roku rezerwat ma powierzchnię 32,15 ha. Chroni fragment boru sosnowego bagiennego Vaccinio uliginosi-Pinetum, borealnej świerczyny Sphagno girgensohnii-Piceetum oraz torfowiska wysokiego Sphagnetum magellanici. Występują tu rzadkie i zagrożone gatunki roślin, między innymi manna litewska, turzyca skąpokwiatowa, turzyca szczupła, fiołek torfowy, listera sercowata i widłak wroniec.

Rezerwat przyrody „Czarcia Kępa”

Najmłodszy z rezerwatów Nadleśnictwa Gołdap został utworzony w 2021 roku. Obejmuje 30,25 ha. Celem jego ochrony jest zachowanie grądu zboczowego Acer platanoides-Tilia cordata rozwijającego się na terenach o wyjątkowo urozmaiconej młodoglacjalnej rzeźbie oraz ochrona populacji dzwonka szerokolistnego Campanula latifolia. Rezerwat stanowi leśną wyspę pośród krajobrazu rolniczego. Strome zbocza doliny, głębokie jary i niewielkie strumienie tworzą tu wyjątkowy krajobraz oraz sprzyjają występowaniu bogatej roślinności grądowej.