Lasy Nadleśnictwa Gołdap położone są poza strefą stałego ujemnego oddziaływania przemysłu i z uwagi na zróżnicowanie siedliskowe cechują się wysoką odpornością na niekorzystne czynniki środowiska. Leśnicy dbają o utrzymanie i dodatkowe wzbogacanie różnorodności biocenoz, poprzez czynności poprawiające warunki bytowania pożytecznej fauny:

• inicjowane są odnowienia naturalne, co pozwala osiągnąć szybszą regenerację lasu;
• tam gdzie było to możliwe prowadzi się przebudowę drzewostanów rębnią złożoną;
• drzewa dziuplaste podlegają ochronie i ewidencji - pozostawiane są w drzewostanie;
• w drzewostanach pozostawia się również martwe drewno;
• na uprawach pozostawia się kępy starodrzewu;
• wprowadza się II piętro drzewostanu;
• wywiesza się i czyści budki lęgowe dla ptaków;
• prowadzi się w okresie zimowym dokarmianie zwierząt;
• wykłada się pułapki feromonowe i drzewa pułapkowe;
• systematycznie kontroluje się i usuwa posusz czynny, będący potencjalnym ogniskiem rozprzestrzeniania się szkodliwych owadów.

    Nadleśnictwo z uwagi na swoje położenie narażone jest na huragany. Ostatni z wiatrów który, przeszedł w styczniu i w lipcu 2002 roku przez Puszczę Romincką spowodował straty w ilości 49 tys. m³ drewna. W wyniku tych zdarzeń, przy sprzyjających warunkach atmosferycznych (suche i ciepłe lata) nastąpił wzrost liczebności populacji szkodników wtórnych, głównie kornika drukarza. Gradacyjne pojawy miały miejsce w latach 1994-1997 i 2001-2003. Ostatnia akcja zwalczania szkodników odbyła się w 2004r. w leśnictwie Boczki (obręb Gołdap) - na pow. 112 ha opryskano drzewostany najcenniejsze - WDN-y dębowe (wyłączone drzewostany nasienne), w ten sposób zwalczano szkodniki drzew liściastych (miernikowce).

    W uprawach i młodnikach znaczne szkody wyrządza zwierzyna płowa. Szkody ograniczane są poprzez zabezpieczanie sadzonek na uprawach, dodatkowo wykłada się drzewa zgryzowe. Cenne fragmenty upraw są grodzone. W ostatnich latach notowano także szkody spowodowane przez bobry. Zagrożeniem dla upraw i młodników są także czynniki abiotyczne. W maju 2000 roku odnotowano szkody od przymrozków późnych na powierzchni 103,8 ha. Szczególnie ucierpiały: dąb, olcha, jesion, i brzoza na uprawach.

    Roczny rozmiary prac z ochrony lasu w Nadleśnictwie Gołdap na rok 2014 przedstawia się następująco:

• konserwacja budek lęgowych 154 szt
• dokarmianie ptaków 400 kg
• grodzenie upraw 27,38 ha
• konserwacja ogrodzeń    zł
• kontrola występowania szkodników upraw,młodników 8,11 ha
• poszukiwania w ściole 9 szt
• obserwacja pułapek feromonowych (brudnice) 11 szt
• sprzątanie śmieci z terenów leśnych 30 m³
• ochrona chemiczna przed spałowaniem 11,02 ha
• ochrona chemiczna przed zgryzaniem 11,77 ha
• ochrona mechaniczna 26,65 ha
• wykładanie drzew zgryzowych    ha 
• zwalczanie biologiczne grzybów - pozostałe drzewostany 22,35 ha
• zwalczanie ryjkowców chemicznie 8,25 ha
• zwalczanie ryjkowców - pułapka klasyczna 5,00 ha
• zwalczanie ryjkowców mechanicznie   ha
• zwalczanie szkodników wtórnych - pułapki feromonowe 550 szt
• zwalczanie szkodników wtórnych - pułapki klasyczne 118 szt.

WIĘCEJ O OCHRONIE LASU